[Hpco-dfo-partner-support--ochp-mpo-soutien-au-partenaire] Re: Configuration de mon compte sur HPC et chargement d'Anaconda

Unclassified | Non classifié Bonjour Samuel, J’ai regardé un peu le $HOME de ton compte, et dans le fichier .profile, j’ai noté que les lignes : export ORDENV_SITE_PROFILE=20180430 et . /fs/ssm/main/env/ordenv-boot-20180430.sh Peuvent être le problème (pointent à des scripts d’environnement de 2018!). J’ajusterais ceux-ci à : export ORDENV_SITE_PROFILE=20230929 et . /fs/ssm/main/env/ordenv-boot-latest.sh Essayez ces changements et laissez-moi savoir ce qui en était. Merci, Sacha From: hpco-dfo-partner-support--ochp-mpo-soutien-au-partenaire(a)comm.collab.science.gc.ca <hpco-dfo-partner-support--ochp-mpo-soutien-au-partenaire(a)comm.collab.science.gc.ca> Sent: Monday, October 28, 2024 10:32 PM To: hpco-dfo-partner-support--ochp-mpo-soutien-au-partenaire(a)comm.collab.science.gc.ca Cc: Marshall, John (SSC/SPC) <John.Marshall(a)ssc-spc.gc.ca> Subject: [Hpco-dfo-partner-support--ochp-mpo-soutien-au-partenaire] Configuration de mon compte sur HPC et chargement d'Anaconda Bonjour, je fais partie du groupe OPP-MEQ, je travaille avec l'équipe d'acoustique à l'Institut Maurice-Lamontagne(avec Florian Aulanier et Clément Juif). J'ai un compte HPC depuis plusieurs années, que je n'ai pratiquement pas utilisé. Voic quelques infos sur mon compte: ------------------ sgi019@inter-dfo-ubuntu2404:~$ whoami sgi019 sgi019@inter-dfo-ubuntu2404:~$ groups dfo_meq dfo dfo_bioios proj_dfo_bioios proj_dfo_meq ------------------ Maintenant, j'essaie de me familiariser avec la plateforme dans le but de lancer des calculs d'entraînement en apprentissage profond en python. Je peux me connecter à mon compte sur ubuntu2004/2204/2404. J'ai aussi installé thinlinc et je peux ainsi me connecter à vis-03. J’ai fait quelques tests d’exécutions de « job » avec slurm et tout semble bien fonctionner. Il semble que mon compte est donc configuré correctement, mais j'ai 2 enjeux pour l'instant: -------------------- 1- SUR UBUNTU2004: ma variable PATH est vide. sgi019@inter-dfo-ubuntu2004:~$ echo $PATH Alors que dans ubuntu 2204 ou 2404, ce n'est pas le cas: sgi019@inter-dfo-ubuntu2404:~$ echo $PATH /fs/ssm/main/opt/ssmuse/ssmuse-1.7/ssmuse_1.7_all/bin:/usr/local/sbin:/usr/local/bin:/usr/sbin:/usr/bin:/sbin:/bin:/usr/games:/usr/local/games:/snap/bin:/opt/thinlinc/bin:/opt/thinlinc/sbin Résultat, la plupart des commandes de base donnent une erreur: sgi019@inter-dfo-ubuntu2004:~$ ls -bash: ls: No such file or directory sgi019@inter-dfo-ubuntu2004:~$ uname -bash: uname: No such file or directory sgi019@inter-dfo-ubuntu2004:~$ ls -bash: ls: No such file or directory sgi019@inter-dfo-ubuntu2004:~$ which ls -bash: which: No such file or directory sgi019@inter-dfo-ubuntu2004:~$ Je pourrais toujours essayer de définir ma variable PATH moi-même, mais ça me semble pas la meilleure solution. Est-ce que cette situation est normale? Est-ce que mon compte est bien configuré sur cette plateforme? --------------------------------- 2- CHARGEMENT DE ANACONDA OU MINICONDA J'ai besoin d'utiliser python3, et je voudrais géré mon environnement par conda. Donc j'aurais besoin de anaconda ou miniconda. J'ai consulté la page suivante: https://portal-new.science.gc.ca/xwiki/bin/view/Projects/Science/Software... On dit: ***** Availability Anaconda is available on the following SSM platforms: All Ubuntu and CentOS images. ****** Mais si j'essaie de charger Anaconda, j'ai une erreur: sgi019@inter-dfo-ubuntu2204:~/fs7sg/explo$ . ssmuse-sh -x main/opt/anaconda/anaconda3_2023.09 /usr/bin/env: 'python2': No such file or directory sgi019@inter-dfo-ubuntu2404:~$ . ssmuse-sh -x main/opt/anaconda/anaconda3_2023.09 /usr/bin/env: ‘python2’: No such file or directory python2 ??? Mon collègue Clément Juif m'a dit que Anaconda n'est disponible que sur ubuntu2004; et que ubuntu2204/2404 n'ont accès qu'à miniconda. Personnellement, miniconda suffirait, mais je n'ai pas trouvé de documentation là-dessus. Et pour ubuntu2004, le problème #1(plus haut) m'empêche de faire quoi que ce soit. Je suis aussi surpris que l'erreur vient de l'absence de python2. ----------------------- Voilà, j'espère que vous pourrez me guider face à ces petits problèmes que je rencontre. Merci. Samuel Giard